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采血卡廠家根據《自然遺傳學》上發(fā)表的一項新成果,全基因組測序有望用于臨床上的遺傳病診斷。這項研究評估了影響全基因組測序在臨床診斷中取得成功的因素。
這個國際研究小組由英國的研究人員領導,對156個病例或家庭開展了臨床基因組測序。這些病例有著遺傳疾病的特征,但無法通過之前的篩查檢測來解釋。通過基因組測序,他們診斷出五分之一的病例,其中三分之一以上被認為是孟德爾疾病。
作者在文中寫道:“我們的結果證明了基因組測序在常規(guī)的臨床診斷中的價值,但也突出了許多尚未解決的挑戰(zhàn)?!边@篇文章的通訊作者是牛津大學Wellcome Trust人類遺傳學中心的Gilean McVean。
McVean及其同事考慮了156個個體或家庭,他們患有原因不明的孟德爾疾病或免疫疾病。研究人員以平均32倍的覆蓋度對每個個體的基因組進行測序。對于88%以上的蛋白質編碼序列,平均覆蓋深度至少為20倍。
研究小組追蹤到33個病例中的致病變異,剛好超過21%。孟德爾疾病的診斷率更高.對于68個病例中的23個,他們發(fā)現(xiàn)了致病突變,診斷率接近34%。此外,對于14個家系中的8個,他們也能成功診斷,比例達到57%。
當研究人員深入探討可能影響成功診斷的技術特征時,他們發(fā)現(xiàn),基因組中不同區(qū)域的覆蓋度變化似乎并沒有明顯影響他們追蹤致病變異的能力。
另一方面,研究小組又強調了在檢出和鑒定致病變異時分析方法的重要性。例如,他們發(fā)現(xiàn),采用兩階段的變異檢出過程,即本地數據庫過濾和多種算法注釋基因組相結合,能夠有效地鑒定變異,實現(xiàn)更加準確的診斷。
盡管本研究中大部分的疾病元兇落在蛋白質編碼區(qū)域,可通過外顯子組測序來拷問,但研究人員指出,完整的基因組序列有助于發(fā)現(xiàn)疾病的非編碼因素,并確定基因內疾病相關異常的遺傳模式。
不過,研究人員也提醒,在診斷顯性遺傳的疾病,或其他家庭成員、遺傳模式或臨床特征的信息不足時,全基因組測序可能太過復雜,或是不必要的時間浪費。
“最終,如果特定變異,或同一基因中的另一個變異,在患有相同疾病的其他個體中鑒定出,則全基因組測序將能夠可靠地評估這個變異的診斷和預測價值,”。